Awal berdirinya Kelurahan Rapak Dalam adalah dari hasil pemekaran Kelurahan Baqa/Rapak Dalam ditahun 2006, Sehingga terpisahlah 2 Kelurahan baru yaitu Kelurahan Baqa dan Kelurahan Rapak Dalam yang pada saat itu masih ber-Kecamatan Samarinda Seberang dan di tahun 2010 Kelurahan Rapak Dalam masuk kedalam Kelurahan Loa Janan Ilir.